这次西部开发不同于以往的最大特点，就是在开发的同时必须搞好生态环境的保护和建设。这包含着对生态环境价值的深刻理解和认识，也包含着破坏生态环境恶果的惨痛历史教训。在开发之初，深刻认识西部环境特性，在全面认识的基础上，确定正确的西部生态环境保护与建设原则，对避免开发中产生新的环境破坏，再造山川秀美的新西部将是至关重要的。

　　一、西部面积辽阔，生态多样，千差万别，各具特色。因地制宜，区别对待是西部生态环境保护建设必须坚持的基本原则之一。

　　西部包括陕、甘、宁、青、新、云、贵、川、藏、重庆十个省区市，约占国土面积的52%，人口的23%。如果加上内蒙、广西，则占国土面积68%，人口的25%。这里有世界最高的高原——青藏高原，有世界最高的山峰——珠穆朗玛峰，有世界最大的峡谷——雅鲁藏布大峡谷；有从热带雨林到高寒山地的各种植被；有高山峡谷、冰川雪原、荒原沙漠的各种自然景观；有多种此处独有的珍稀奇特物种。西部各地不仅地貌形态、自然景观各不相同，社会经济开发程度也大相径庭，存在的问题也不尽相同。因此，在西部生态环境保护建设中必须因地制宜，区别对待，分清主次，择要而从，以便集中有限的财力，在有限的时间内，达到一定的目标，产生出预期的效益。这既是国力所要求，也是经济规律所要求。

　　由于西部面积辽阔，交通不便，目前绝大部分地区尚缺乏开发的条件和适宜的开发方式。因此，对于一些重要的、敏感的区域必须设立生态环境保护区，实施抢救性保护或强制性保护，如对具有生物多样性资源的地区、江河源头区，以及其它具有重大科学价值或对全局有重大影响的地区；对一些目前生态环境比较好的地区，可以建立一批以生态环境保护和建设为主要目标的生态特别县，以发挥其生态功能，作为构成重建山川秀美的基础；对于矿产资源丰富，且具有开发条件的地区划定矿产资源开发区，同时开征资源开发生态恢复补偿费，使之在开发的同时搞好生态环境的恢复和建设；建立水资源费和水资源保护节约奖励费制度，以促进节水社会的形成。

　　二、西部生态环境脆弱，初级生产力低下，目前尚不能容纳较多的人群，必须坚决杜绝盲目的移民开发，坚持开发与保护并重，保护优先的原则。

　　我国西部处于平均高程800-XX米和XX-4000多米的两大台阶及其衔接区，属于生态环境脆弱带任(eeotone)，有生物多样性丰富的特点，也有抗干扰能力差、破坏后难于恢复的弱点，也是我国环境灾难，如地震、山崩、滑坡、泥石流、水土流失、霜冻、冰雹、大风、干旱、洪水、雪崩、冻土、森林火灾以及病虫鼠害等最严重的地区。除了少数小块地区之外，大部分土地农业生产潜力在50公斤/亩以下，仅相当东南沿海平原地区的六十分之一。由于自然生产力低下，目前环境人口容量很小。黄土高原区每平方公里以7-8人为宜，西部荒漠草原每平方公里的土地承载力不会超过2-3人。因此，必须坚决反对大量人群的盲目流入。中外开发历史证明，单靠移民开发没有成功的。日本从明治维新第2年(1869年)开始北海道的移民开发，直到1995年北海道仍然是日本最落后的地区。巴西为了开发中西部，不惜将首都从海滨城市里约热内卢迁之内地巴西利亚，并以纵贯全国的公路带动城镇进行移民开发，结果也是失败的。中国从明清就开始在西部边疆屯垦戍边，开发建设达数百年之久，而西部落后依旧。从生态学的观点看，西部无论是瑰丽多姿的热带风光，还是苍凉悲壮大漠风情，都是亿万年来自然神奇造化之工赐予人类的财富。它们将以其稀有性、濒危性、特异性而身价与日俱增，并将越来越受到人们的重视，其经济前景也是必然的。从发展的观点看，稀有、濒危、特异的环境资源，将随着时间的推移日见稀缺，对它们的争夺也日益激烈，特别是生物工程学科的发展与领头地位的确定，生物资源在未来国际竞争中将起举足轻重的作用。因此，相对落后地区的发展一定要优先考虑稀有、濒危、特异经济资源的保护。反对急功近利，立足长远，坚持开发与保护并重，保护优先的原则对脆弱的西部环境尤为重要。对生态环境异常脆弱的地区来说，情况不清，没有把握时，维持现状是最好的保护。西部一些脆弱的生态环境至今未被破坏，人口少以及人类活动少是重要原因。